L’outil Datice est organisé suivant 4 dossiers :
Les répertoires input et param contiennent toutes les informations nécessaires pour effectuer un run de Datice. . Les répertoires output et trace sont créés suite au run de Datice. Le répertoire Trace contient des informations « mathématiques » liées à la méthode de minimisation (i.e. méthode utilisée pour obtenir le meilleur compromis entre les ébauches et les contraintes d’âge). Le répertoire output contient tous les fichiers produits lors d’un run Datice : chronologies, tous les fichiers de marqueurs avec les âges de la nouvelle chronologie… Le répertoire output contient également deux fichiers qui permettent de vérifier le bon déroulement du run (datice_output.txt et m1qn3_out.txt).
Lors du lacement d’un run Datice en exécutant le fichier fourni avec le bundle (submit_datice_job.sh), les paramétrages d’entrées (répertoires input et param) sont contenus dans le dossier modif/. Les résultats du run eux sont enregistrés dans le répertoire run_datice/nom_simu/ où nom_simu/ est le répertoire correspondant au nom fourni lors du lacement de Datice.
Pour plus de simplicité, les répertoires input et param situés dans modif sont recopiés dans le répertoire run_datice/nom_simu. note : attention, comme ces répertoires sont présents au travers de liens symboliques, toute modification des fichiers dans ces répertoires postérieures au run sont reportées dans run_datice/nom_simu/input/ et run_datice/nom_simu/param/. En conséquence, si vous souhaitez rapatrier en local vos run, effectuez de préférence celui-ci juste après chaque run, et avant toutes modifications dans modif/.
Note : tous les fichiers texte de Datice sont formatés suivant la même structure. Ils présentent un en-tête de fichier composé de 22 lignes de commentaires (commençant par « ! »). Veillez ne pas modifier la taille de cet en-tête, néanmoins, nous vous recommandons d’utiliser ces lignes afin d’apporter des informations clés à vos fichiers (i.e. nom de site info sur les paramètres d’ébauche, origine des marqueurs…) . Ainsi le contenu des fichiers commence à la 23e ligne.