run Datice

Outils nécessaires: Terminal, Cyberduck (interface graphique pour échange de fichiers en sftp).

Lancer un run sur Obelix (LSCE)

  • se connecter sur son compte Obelix depuis un terminal (NOTE: ne pas oublier de se mettre en bash, bash -l)
    • depuis le site de L’orme: ssh -X login@obelix4.saclay.cea.fr
    • depuis l’extérieur: ssh -X login@idefix1.extra.cea.fr puis tapez ssh -X obelix4
  • aller dans le répertoire où vous avez déployé l’archive contenant les différents fichiers et répertoires de Datice:
    • ex: cd Datice_multi-archives/ (NOTE: sous unix, lorsque vous commencez à taper le nom d’un fichier ou d’un répertoire, vous pouvez utiliser l’autocomplétion grâce à la touche Tabulation)
    • dans ce répertoire vous avez normalement les documents et répertoires suivants:
      • modif/
      • README.txt
      • run_datice/
      • submit_datice_multiarchives_job.sh
      • utilitaire_python/
      • utilitaire_python.sh
  • uploader ou préparer vos fichiers d’input/ et de param/ dans le répertoire modif/
  • pour lancer un run Datice, il suffit maintenant d’exécuter le fichier submit_datice_multiarchives_job.sh en tapant la commande suivante: qsub -v repertoire_exp=nom_experience ./submit_datice_multiarchives_job.sh
  • vous obtenez alors un numéro d’éxécution sur Obelix (ex: 2055111.obelix1)
  • pour savoir où en est votre expérience de datation, vous pouvez taper les commandes suivante:
    • qstat
    • qstat -a 2055111.obelix1

Suivant la disponibilité des serveurs, votre expérience de dation peut être en train de s’exécuter (statut « R ») ou en attente (statut « Q »). Lorsque le run est terminé, votre référence disparaît de la liste des calculs en cours sur Obelix. Suivant les paramétrages fournis dans le fichier submit_datice_multiarchives_job.sh, vous recevez à ce moment un mail de « root » (cf page décrivant le fichier de lancement de Datice).

Lancer un run à l’IPSL (en cours de développement)