Checklist pour la personnalisation d’un run

Cette page constitue un bref récapitulatif de ce dont il est nécessaire de modifier pour personnaliser vos premiers runs de Datice en ajoutant une carotte/spéléothème.

Remarques générales:

  • Les fichiers doivent garder la même format, notamment pour la taille de l’en-tête des fichiers. Nous recommandons d’effectuer les modifications à partir d’une copie d’un fichier existant.
  • Il est nécessaire de vérifier la possible existence de caractères cachés au sein des fichiers d’input que vous modifierez. Cela provient des différents types d’encodage entre les machines. La présence de certains caractères cachés rend impossible à Datice la lecture du contenu des fichiers. Datice s’arrête alors en cours d’exécution et vous avez un message d’erreur qui apparaît à la fin du fichier datice_output.txt.
  • Nous recommandons d’effectuer la vérification des caractères cachés en utilisant vim. Pour cela, tapez: vim nom_du_fichier. Une fois le fichier ouvert avec vim, tapez: :set list. Apparaissent alors les caractères correspondant à la séparations des colonnes et les retours à la ligne. Pour que Datice fonctionne, il faut que les colonnes soient séparées par des espaces, et que les retour à la ligne soient identifiés par des « $ ». Si vous avez des caractères du type « ^I » (tabulations) ou « ^M » (retours à la ligne), il est nécessaire de les remplacer. Pour ce faire, tapez: :%s/\t/       /g pour remplacer les tabulations par 7 espaces; :%s/\r/\r/gpour remplacer les retour à la ligne. Enfin, tapez :wq pour sauvegarder les modifications et fermer le fichier.
  • Bien vérifier pour tous les fichiers d’INPUT et PARAM contenant des données qu’il n’y a pas de caractères cachés

 

Voici une liste des fichiers et paramètres à ajouter/faire attention lorsque que vous rajoutez une carotte dans Datice.

Le nom de la carotte que vous ajoutez ne doit pas dépasser 10 caractères, sans espaces ou caractères spéciaux, et doit commencer par une lettre. Celui-ci est indiqué dans la namelist sous le block « DRILLING_OPTION » et doit être le même pour tous les noms de fichiers correspondant.

Dossier INPUT

  • age_inputXXX.txt : fichier contenant les paramètres nécessaires à la datation d’ébauche.
    • carottes marines : 3 colonnes (profondeur, taux de sédimentation, lockin-depth/bioturbation) si la 3e colonne n’est pas utilisé, la remplir par des « -1 »
    • carottes de glace : 5 colonnes (profondeur, densité relative, taux d’accumulation, fonction d’amincissement, delta-depth, LIDIE)

 

Les fichiers de marqueurs :

Attention, ceux-ci sont seulement pris en compte si le paramètre correspondant au marqueur dans la namelist est renseigné par « .true. »­

 

  • age_markersXXX.txt : fichier correspondant aux marqueurs d’âge « absolus ». 4 colonnes : profondeur, âge, incertitude (1sigma), origine marqueur (à renseigner surtout si corrélation d’erreurs, autrement mettre « null »)
    Même structure pour les marqueurs d’âge gaz et son équivalent marin
  • ddepth_markersXXX. txt: fichier correspondant aux marqueurs de delta-depth. 4 colonnes : profondeur, ddepth, incertitude (1sigma), origine.
    Même structure pour les marqueurs de lockin depth/bioturbation
  • agediff_markersXXX.txt : marqueurs de différence d’âge. Servent à contraindre des durées. 5 colonnes : profondeur de départ, profondeur finale, différence d’âge entre les 2 profondeurs, incertitude (1sigma), origine.
  • strati_markersXX1_XX2.txt : fichier correspondant aux liens stratigraphiques entre deux carottes. Le nom du fichier doit être composé de la carotte avec l’index le plus petit (paramètre namelist) en premier. Idem pour l’ordre des colonnes dans le fichier. 4 colonnes : profondeur carotte index + petit, profondeur carotte index +grand, incertitude (1sigma), origine.
    Même structure pour les liens stratigraphique gaz.
    Pas encore de lien stratigraphique mixte glace-gaz ou équivalent marin.

Dossier PARAM

Les namelist :

  • namelist_main :
    • nsite : nombre de sites
    • core_index : index pour les différentes carottes. C’est cet index qui est utilisé pour repérer la carotte dans la suite de la namelist.
    • names: noms des carottes, maximum 10 caractères avec une lettre en premier.
    • core_type : « ice » ou « marine »
    • surface_age : référence à 1950. Age correspondant à la première profondeur du fichier d’input.
    • relative_density : que pour les carottes de glace
    • nstep : interpolation du pas de grille. « 1 » correspond au pas du fichier l’ébauche, « 2 » pour un point sur 2…
    • OBSERVATION_OPTION : block concernant les marqueurs d’âge. Possibilité de mettre des âges virtuels aux top et bottom de chaque carotte. Permet de sélectionner les types de marqueurs à prendre en compte par Datice (« .true. » considéré, « .false. » ignoré) Bien le rajouter pour chaque carotte en plus. Ne pas oublier les couples de carottes pour les liens stratigraphiques.
    • OBSERVATION_ERROR_CORRELATION_OPTION : block permettant d’activer ou non les corrélations d’erreur entre les marqueurs. Si sur « .true. », lira les paramètres dans les namelist_obscorrXXX. Bien le rajouter pour chaque carotte en plus, chaque type de marqueurs. Ne pas oublier les couples de carottes pour les liens stratigraphiques.
  • namelist_main_python: namelist_main avec en sus la paramétrisation pour le calcul des erreurs des paramètres d’ébauche pour les carottes de glace (comme paramétré pour AICC2012). Important, à la fin du fichier = paramètre pour python avec les noms des sites pour python. Les mettre dans l’ordre des indices.
  • namelist_developpers: paramètres pour des utilisateurs experts de Datice (paramètres minimiseur, options fonction cout…) pas de modifications à apporter quand ajout une carotte.
  • namelist_bkgerr_XXX : 3 paramètres à renseigner pour chaque carotte :
    • bkg_error_covariance_matrices : si « .true. » il faut renseigner les paramètres bkg_error_variance et bkg_error_correlation. Si « .false. » renseigner seulement
    • bkg_error_variance : soit « cst » et il faut renseigner sigma ; soit « from_file » et il faut un fichier bkgsigma_inputXXX.txt.
    • bkg_error_correlation : choisir la forme, la longueur de corrélation et le type (préférence pour « cst » pour le moment).
  • namelist_obscorrXXX et namelist_obscorrXX1_XX2 : pour paramétrer les corrélations d’erreur entre les différents marqueurs. Ces corrélations sont utilisées par Datice si le paramètre du block observation_error_correlation_option correspondant au type de marqueur est sur « .true. ».

 

Les fichiers d’ébauche :

  • bkgsigma_inputXXX.txt : fichier correspondant aux erreurs associées aux paramètres d’ébauche. Ce fichier est lu seulement si le paramètre du block bkg_error_variance  de la namelist_bkgerr_XXX est mis « from_file ».
  • bkgcorrlen_inputXXX.txt : fichier correspondant aux corrélations d’erreurs associées aux paramètres d’ébauche. Ce fichier est lu seulement si le paramètre du block bkg_error_correlation  de la namelist_bkgerr_XXX est mis « from_file » (préférence pour « cst » pour les cas simples).