Outils nécessaires: Terminal, Cyberduck (interface graphique pour échange de fichiers en sftp).
Lancer un run sur Obelix (LSCE)
- se connecter sur son compte Obelix depuis un terminal (NOTE: ne pas oublier de se mettre en bash, bash -l)
- depuis le site de L’orme:
ssh -X login@obelix4.saclay.cea.fr
- depuis l’extérieur:
ssh -X login@idefix1.extra.cea.fr
puis tapezssh -X obelix4
- depuis le site de L’orme:
- aller dans le répertoire où vous avez déployé l’archive contenant les différents fichiers et répertoires de Datice:
- ex:
cd Datice_multi-archives/
(NOTE: sous unix, lorsque vous commencez à taper le nom d’un fichier ou d’un répertoire, vous pouvez utiliser l’autocomplétion grâce à la touche Tabulation) - dans ce répertoire vous avez normalement les documents et répertoires suivants:
- modif/
- README.txt
- run_datice/
- submit_datice_multiarchives_job.sh
- utilitaire_python/
- utilitaire_python.sh
- ex:
- uploader ou préparer vos fichiers d’input/ et de param/ dans le répertoire modif/
- pour lancer un run Datice, il suffit maintenant d’exécuter le fichier submit_datice_multiarchives_job.sh en tapant la commande suivante:
qsub -v repertoire_exp=nom_experience ./submit_datice_multiarchives_job.sh
- vous obtenez alors un numéro d’éxécution sur Obelix (ex: 2055111.obelix1)
- pour savoir où en est votre expérience de datation, vous pouvez taper les commandes suivante:
qstat
qstat -a 2055111.obelix1
Suivant la disponibilité des serveurs, votre expérience de dation peut être en train de s’exécuter (statut « R ») ou en attente (statut « Q »). Lorsque le run est terminé, votre référence disparaît de la liste des calculs en cours sur Obelix. Suivant les paramétrages fournis dans le fichier submit_datice_multiarchives_job.sh, vous recevez à ce moment un mail de « root » (cf page décrivant le fichier de lancement de Datice).